2018年 9月 - 現在
取締役シニアディレクター
2018年8月20日、1月に急逝した星野仙一（在任当時取締役副会長）の後任として、東北楽天ゴールデンイーグルスの編成部門を統括する取締役ゼネラルマネージャーに9月1日付で就任することが球団から発表。
2020年11月12日、2021年シーズンから取締役GM兼監督に就任することが発表。2013年以来、8年ぶりの現場復帰。背番号99。
2022年12月4日、取締役GMを退任し、翌2023年から監督に専任することが発表。3月6日、背番号を現役時代に使用していた16に変更することとなった。同年オフ退任を発表、2024年からは球団取締役シニアディレクターに就任する。
2008年 - 2013年
投手
2007年11月22日に埼玉西武ライオンズへの移籍発表。ヤクルト時代の背番号16は涌井秀章が着けていたため、16を反転した61を本人が選択。
2008年は、3月29日の福岡ソフトバンクホークス戦（西武ドーム）でNPB通算100勝を達成。最終的に11勝10敗・防御率4点台に終わった。北海道日本ハムファイターズとのクライマックスシリーズ（第2ステージ）では第4戦に登板し、7回13奪三振3失点で勝利投手となった。巨人との日本シリーズでは第3戦に先発するも6回5失点で敗戦投手になるが、第7戦に3回からリリーフで登板すると2回をパーフェクトに抑えた。結果的にチームは日本一となり、石井は第7戦で巨人にリベンジを果たした。
2009年は、涌井が背番号を18へ変更したため、背番号を16に変更。前年に比べて被打率が下がる代わりに四球が増え、9勝止まりで規定投球回も達しなかったが、投球回数を上回る奪三振数を記録。
2010年は5月19日のヤクルト戦（西武ドーム）で9回完投勝利（サヨナラ勝ち）を挙げ、12球団勝利を達成（レギュラーシーズンで近鉄との対戦はなかったが、2001年の日本シリーズで近鉄に勝利している）。この年も9勝止まりだった。クライマックスシリーズでは登板はなかった。
2011年は、8月7日のソフトバンク戦で通算2000奪三振を達成（プロ野球20人目）。記録達成に要した投球回数は1967回2/3であり、これまでの最速記録保持者だった江夏豊を超えるプロ野球最速記録となった。しかしシーズンでは6勝、防御率4.31と先発ではあまり結果を残すことができず、シーズン終盤にはリリーフに回った。リリーフでは安定感を見せ、特にクライマックスシリーズファーストステージ第2戦では、8回無死一・三塁から西口文也をリリーフして、糸井嘉男、小谷野栄一、稲葉篤紀を完璧に抑え、ポストシーズンで勝ち星のなかった西口のポストシーズン初勝利とチームのクライマックスシリーズファイナルステージ進出に貢献。
2012年は、5月25日のヤクルト戦で自身5年ぶりとなる完封勝利、6月13日の阪神戦では自身初となる無四球完封を記録。また、シーズンで複数回完封勝利を記録したのは1997年シーズン以来。4年ぶりの2桁勝利を達成したが、怪我で二軍落ちし、10勝目を挙げて以降は勝ち星がなかった。クライマックスシリーズでは第3戦で4回表まで好投していたが、後続の投手が打たれたため敗戦投手となった。
2013年は左肩の不調で出遅れ、全て中継ぎでの7試合の登板に終わる。9月24日に現役を引退することを発表。10月8日の引退セレモニー内のセレモニアルピッチでは夫人が見守るなか、長男（当時小六）のストライク投球を受けた。また、声援にこたえるためのグラウンド1周を電動立ち乗り2輪車セグウェイで行うなど石井らしいユーモラスな演出もあった。
2006年 - 2007年
投手
2006年1月20日に古田敦也が選手兼任監督に就任したヤクルトに年俸2億4000万円プラス出来高6000万円（推定）の2年契約で復帰。背番号は自身が過去につけていた16。シーズン通して外れることなく先発ローテーションを守り、11勝を挙げた。
2007年は5月17日の中日戦（ナゴヤドーム）で、史上48人目となるNPB通算1500奪三振を達成。1413投球回での達成は、江夏豊の1423投球回を抜く日本プロ野球最速となった。2007年9月23日の阪神戦で、2564日ぶりの完封勝利を挙げる（通算7回目）。
2007年は安定感を欠き、9勝10敗、防御率4.16に終わった。11月12日に前年途中に取得していたFA権を行使する。ヤクルトから慰留を受けるが、新たな環境を求めて移籍を決意。理由としては「新しい友達を作りたかったから」だと「開運!なんでも鑑定団」の中で話していたこともある。
2005年 - 2005年
投手
2005年の開幕直前、ジェイソン・フィリップスとの交換トレードでニューヨーク・メッツへ移籍。背番号は23。しかし左膝痛が再発しての故障者リスト入りや、調整登板以外では初となるマイナー降格も経験。9月のロースター拡大で再昇格するも3勝にとどまり、「こういう苦労をしたくなかったらメジャーに来ていない。貴重な経験だと思って今後の野球人生につなげたい」とコメントした。
2002年 - 2004年
投手
2002年1月7日に石井が移籍希望球団として挙げていたロサンゼルス・ドジャースが入札したことを受け、ドジャースと3年1230万ドルで契約を結んだ。背番号は17。入団会見では妻の木佐が小学2年から中学2年までロサンゼルス在住だったことを受けて「僕の妻はカリフォルニア人」とジョークを交え、会場の笑いを誘った。
2002年はスプリングトレーニングで3本塁打を打たれ、防御率は10.00を越えるなど報道陣から不安を持たれたが、初先発となった4月6日のコロラド・ロッキーズ戦で6回を2安打に抑える好投で初勝利を挙げ、監督のジム・トレーシーは「これが君たちが色々と言っていた投手（石井）の実力だよ。公式戦を見ろと言っただろ?」とコメントした。球速も96mph（約154km/h）を計測し、デビュー戦10奪三振はペドロ・アスタシオと並ぶチーム最多タイ記録だった。2度目の登板となった4月12日のサンディエゴ・パドレス戦では、「三振しか取れない投手だと思われるのもしゃくなので、打たせて取る投球も出来ることを見せたい」と語り、スプリングトレーニングで習得したツーシームを用いて凡打の山を築いた。その後、4月28日のシカゴ・カブス戦で自己最速となる97mph（約156km/h）を計測し、開幕から6連勝と好調なスタートを切り、4月は5勝0敗でリーグ月間最優秀新人賞を受賞した。前半戦で11勝を挙げ、5月終了時でオールスター選出はほぼ確実と見られていたが、6月から調子を落としてオールスター選出を逃す。その後も不安定な投球を続け、後半戦は防御率5.57、WHIP1.63と不調に陥った。9月8日のヒューストン・アストロズ戦では頭部に打球を受けて病院に搬送、頭蓋骨の亀裂骨折と診断され、医師から「あと1ミリ、亀裂が長くなっていたら頭の中を通っている大きな血管を損傷して、出血死していたかもしれない」と言われる程の大怪我でシーズンを終えた。同年チームメイトだった野茂英雄とは与四球数において、メジャー全体で1・2位を記録した（1位は石井106個、2位は野茂103個）。
2003年は前半戦最後の登板でNPB・MLB合算100勝を達成し、8勝3敗、防御率2.94の好成績で前半戦を終える。7月29日のフィラデルフィア・フィリーズ戦で、ヤクルト時代からの古傷だった左膝の痛みが悪化し、早期降板も検討されたが、6回を3安打2失点に抑えた。その後「野球をしてきた蓄積で、投げようと思えば投げられないこともないが、メジャーは万全の調子でなければ簡単に成績を残せるところではないし、休む勇気もプロには必要」とコメントして故障者リスト入りし、靱帯損傷と診断された。故障者リスト入り中もチームには帯同し、8月30日のロッキーズ戦で復帰し、6四球を与えるも5回を3安打無失点に抑えた。9月10日のアリゾナ・ダイヤモンドバックス戦では6回を内野安打1本に抑え、打者としてもシーズン唯一となる安打を、日米通算でも初だった右中間への三塁打で記録する活躍を見せた。
2004年からは投球にカットボールやチェンジアップを交えるようになり、例年に続き開幕3連勝の好スタートを切り、前半で10勝を記録。2002年からの3年間での前半戦勝利数29はメジャー全体でトップとなったが、後半は調子を崩して中継ぎ降格を告げられ、ポストシーズンのロースターからも外れた。オフにはニューヨーク・ヤンキース、ロサンゼルス・ドジャース、アリゾナ・ダイヤモンドバックス間の三角トレードによりランディ・ジョンソンと共にヤンキースへ移籍する予定であったが、ドジャース側の撤退により破談に終わっている。
1992年 - 2001年
投手
1992年は12試合に登板したが勝敗は付かなかった。日本シリーズ第3戦では史上初の「レギュラーシーズンで未勝利の高卒新人ながら先発登板」を果たす。高卒新人投手の先発登板自体、1953年の中村大成、1956年の稲尾和久、1966年の堀内恒夫、2007年の吉川光夫含めて5人のみで、全守備位置を通じて高卒新人のシリーズ先発出場は1988年の立浪和義以来4年ぶりの事例だった。4回に2点を失い降板、敗戦投手となっている。
1993年8月3日の阪神タイガース戦でプロ初勝利を達成するが、雨天コールドゲームでの勝利だった。
1995年は初の規定投球回数到達と2桁勝利（13勝）を達成し、2年ぶりのリーグ優勝・日本一における中心選手の一人となった。
1996年は前年オフに左肩関節の損傷の修復手術をした影響もあり開幕には間に合わず、後半戦復帰したが思うような投球ができずオフに再度左肩関節の手術する。
1997年はシーズン中盤まで渡米し、クリーブランド・インディアンスにて左肩のリハビリをする。復帰後はかつての豪速球が復活し、10勝を挙げた。9月2日の横浜ベイスターズ戦（横浜スタジアム）で、史上65人目となるノーヒットノーランを達成。これは4与四球を含むものだったため、横浜のバッテリーチーフコーチだった権藤博は「そんな記録に意味はない」と発言したが、鈴木尚典は「早くメジャー（リーグ）へ行ってほしい」とコメントした。この快投は終盤戦に追い上げてきた2位の横浜を突き放す上で大きな効果を挙げ、ヤクルトは2年ぶりのリーグ優勝を果たした。日本シリーズでは第1戦に先発。当時日本シリーズタイ記録の12奪三振で完封。第5戦もリリーフで2勝を記録して日本一に貢献し、自らもシリーズ優秀選手に選出。
1998年4月3日の読売ジャイアンツ戦（明治神宮野球場）で初の開幕投手を務めるも敗戦投手となるが、同年は最終的に自己最多の14勝を挙げ、自身初の最多奪三振を獲得したほか、シーズン三振奪取率11.047の日本新記録を樹立する。一方でシーズン最多暴投の日本記録の所持者となった。
1999年は春季キャンプで左脛を痛めて状態のまま開幕を迎え2年連続の開幕投手を務め、初の開幕勝利を記録。初めてオールスターゲームに出場し、第3戦に登板して勝利投手になった。同年6月26日の阪神タイガース戦では川尻哲郎から通算3本目となる本塁打を打った（日本で最後の本塁打。日米通算4本塁打）。しかしキャンプで痛めた足の状態も思わしくなく好不調の波が激しく、同年は8勝に終わり規定投球回もわずか（133回で残り2回足らず）に届かなかった。
2000年3月31日の中日ドラゴンズ戦（ナゴヤドーム）で、3年連続の開幕投手を務め、関川浩一・立浪和義・福留孝介・レオ・ゴメス・デーブ・ニルソン・山崎武司から6者連続奪三振を記録して勝利投手となる。9月8日の巨人戦から10月5日の阪神戦まで34回1/3連続無失点を記録するなど、勝ち負けは10勝9敗だったがセ・リーグの最優秀防御率と最多奪三振の二冠に輝いた。なお、同シーズンの開幕直前に、フジテレビアナウンサーの木佐彩子との結婚を発表した。
2001年、4年連続の開幕投手を務め、7回8奪三振で3年連続開幕勝利。前年の先発陣が移籍・退団・故障離脱により一新されたことで、先発陣の柱としてチームを牽引、年間ローテーションを守り、12勝を挙げて優勝に貢献する。日本シリーズでも初戦に先発し、8回を1安打12奪三振の好投で勝利する。日本シリーズ優秀選手賞を受賞した。
オフには「今まで具体的な夢を持ったことはなかったけど、初めて描いた夢がメジャーだった」とメジャー挑戦を表明し、ジョー・アーボンと代理人契約をする。前年から球団に訴えていたポスティングシステムでのメジャーリーグ移籍を目指したが、9月11日に発生したアメリカ同時多発テロ事件の影響を受け、一時はヤクルトと再契約を結んでメジャー移籍を断念する。同年12月には長男（第一子）が誕生した。
1989年 - 1991年
投手
投手に転向する。全国大会（甲子園）出場はならなかったが、1991年（3年次）には夏の千葉県大会4試合で52奪三振を記録。5回戦で銚子商業高校に0-1で敗れたが、プロ野球全12球団のスカウトからは「10年に1人、江夏豊に匹敵する左腕」と高評価を得た。
石井本人は幼少期からヤクルトに親しみを持っていたことに加え、当時ヤクルトは野村克也監督の下で力をつけ、セントラル・リーグ（セ・リーグ）優勝を狙えるチームとなっていたことから、ヤクルトへの入団を熱望。ロッテはなおも地元出身の逸材である石井を熱心に勧誘したが、最終的には石井の指名を断念して吉田篤史（ヤマハ硬式野球部）を1位指名したため、競合必至とされた石井は意中のヤクルトから単独1位指名を受け、球団の高校生新人選手としては当時最高額となる契約金8000万円で入団。背番号は16。
1086年 - 1988年
千葉市立みつわ台中学校野球部
みつわ台中学校時代は一塁手であった。
