公益財団法人日本サッカー協会（にほんサッカーきょうかい、英語: Japan Football Association、略称：JFA）は、日本サッカー界を統括し代表する国内競技連盟として、サッカー競技の普及および振興を図り、もって国民の心身の健全な発達に寄与することを目的とする。

日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）や日本フットボールリーグ（JFL）、日本女子サッカーリーグ（なでしこリーグ）の試合や天皇杯全日本サッカー選手権大会、皇后杯全日本女子選手権大会などの公式サッカー大会を主催する。プロ・アマの活動を一本化して管理している。
2012年4月1日より財団法人から公益財団法人へ移行し、文部科学省から完全に独立した。

サッカーに関する上位組織としては国際サッカー連盟（FIFA）およびアジアサッカー連盟(AFC)にそれぞれ所属している。

日本サッカー協会はアジアサッカー連盟(AFC)創設（1954年5月8日）メンバーであり、創設年の10月にAFCに加盟している。また、上位組織ではないが、周辺7協会と共に2002年5月28日に東アジアサッカー連盟（EAFF）を創設し、同時に加盟している。オリンピック競技ないしはスポーツの一つとして国際オリンピック委員会（IOC） – 公益財団法人日本オリンピック委員会（JOC）・公益財団法人日本スポーツ協会にも所属する。

日本サッカー協会の下位組織としては日本国内を大きくブロックに分けた9地域（北海道・東北・関東・北信越・東海・関西・中国・四国・九州）のサッカー協会と、各都道府県毎に置かれた46の都府県（北海道は地域の協会も兼ねる）サッカー協会を有し、国内トップリーグであるJリーグの1部（J1）所属チームから、社会人、学生チームなどのアマチュアチームに至るまで、必ずいずれかの都道府県サッカー協会に所属するかたちとなっている。

2002年10月、川淵三郎がキャプテン（川淵一代限りのJFA会長の呼称）就任後、日本サッカーの基盤強化を図るため、「JFAキッズプログラム」「JFAファミリーフットサルフェスティバル」など幼児期からの政策や、女子サッカーの強化などを盛り込んだ「キャプテンズ・ミッション」を発表した（後にプレジデンツ・ミッションへ改称）。2005年1月1日、JFA理念実現のための『JFA2005年宣言』を発表し、その中で中期目標として「2015年に世界のトップ10入り」、長期目標として「2050年までにFIFAワールドカップ優勝」という目標を立てている。

2006年6月7日、川淵三郎キャプテン（JFA会長）が「日本およびアジアのサッカー発展の貢献と2002年FIFAワールドカップの成功」を称えFIFAよりFIFA功労賞を受賞した。これでJFAからは6代目の藤田静夫元会長に続く2人目の快挙である。なお、同賞は、ジーコ元日本代表監督も1996年に受賞している。

2012年1月9日、2011年度のFIFAバロンドールにおいてFIFAフェアプレー賞を受賞した。

公益法人制度改革に伴い、2011年9月、財団法人から公益財団法人への移行を申請し、2012年4月1日より公益財団法人となり、それに伴い、文部科学省から完全に独立した（2012年3月31日までは、文部科学省が日本サッカー協会の監督官庁であり、財務諸表などを文部科学省に届ける必要があった）。

2013年5月30日、FIFA総会で傘下の全サッカー協会（2018年時点では211）が「FIFA標準規約」（会長選挙を必ず実施する等の内容）に準拠した規約制定を義務づけられたため、規定を改正し、2015年3月29日に施行した。2015年12月1日にJFA初のJFA会長選挙が始まり、立候補受付を開始した。2016年1月31日臨時評議員会で田嶋幸三が当選し、同年3月27日の新体制の第１回理事会を経て正式に第14代JFA会長となった。また、同じく2013年、FIFA傘下の全211協会（2018年時点）は、「FIFA標準規約」にある三権分立(立法（評議員会）、行政（理事会）、司法（規律委員会・裁定委員会）)の原則に従うことが求められたため、2014年4月1日、司法機関（規律委員会、裁定委員会、不服申立委員会）をJFAから完全に独立させた。

2015年5月、JFAは、JFA2005年宣言におけるJFAの約束2015の総括として『世界トップ10の組織は、達成』、『サッカーファミリーが500万人になることは、達成（2015年時点526万2220人）』、『日本代表が世界でトップ10のチームになることは、未達成』と発表した。総括で出た課題を元に、「JFAの約束2050」の具現に向け、新たに「JFAの目標2030」を設定した。