社会人野球の発端としては、遠く明治１１年に、新橋駅の鉄道関係者によって、新橋アスレチックスクラブが結成されたが、 実質的には、第一次世界大戦後、日本が好景気に恵まれた大正５、６年に会社が続々とチームを持つようになったことに始まる。

これを受け、各地で実業団野球大会が行われ、早くも大正９年には、都市対抗野球大会の基礎を築いたともいえる 全国実業団野球大会がスタートし、大正１５年まで毎年開催された。

昭和２年に誕生した都市対抗野球大会は、第二次世界大戦により一時中断されたが、昭和２１年の再開と同時に、 戦前からあった社会人野球の全国統一組織結成の声が再び高まり、昭和２４年２月１６日、各地方の実業団野球連盟を 発展的に解消し、「社会人野球の健全なる普及及び発達並びに会員相互の親睦を図る」との旗印の下に、全国９地区連盟とし、 ３４２の加盟チームをもって日本社会人野球協会として発足した。

日本社会人野球協会は、発足と同時に米国野球協会(ナショナル･ベースボール･コングレス＝略称Ｎ・Ｂ・Ｃ、ノンプロ野球の 統制組織）への加盟を決定、国際野球機構の一員として国際舞台に進出する足がかりをつくった。

その後、昭和５０年代に入り、国際交流が一段と高まり、社会人野球の呼称では国際的に通用しないこと。 ’８４ロスアンゼルス･オリンピックで公開種目となり、日本体育協会の加盟の必要が生じ、その加盟承認に当たって、 社会人野球の呼称では支障があったこと。加えて、国内事業においても、より広い範囲で野球の普及振興を図るため、 会員の資格要件を社会人のみに限定せず、日本学生野球協会加盟団体所属の者を除く大学及び定時制高等学校 (１８歳以上)在籍者も対象にしたこと。以上の理由により、昭和６０年２月２１日に名称を日本野球連盟に改め、 平成２年６月２８日に財団法人日本野球連盟、公益法人制度改革の実施に伴い平成25年3月1日に公益法人日本野球連盟となり、現在に至っている。

また、野球競技がバルセロナ･オリンピックから正式種目に加えられたことを受け、日本野球連盟及び日本学生野球協会 (所属団体は、全日本大学野球連盟及び日本高等学校野球連盟）で構成する全日本アマチュア野球連盟が 平成２年６月２０日に設立された。

この間、国内事業としては、全国都市対抗野球大会をはじめ、全国各地域で野球大会を開催、野球技術や 審判技術向上のための講習会も実施。あわせて、少年野球の育成などにも努めてきた。