1909年（明治42年）創部。

早稲田野球部監督だった飛田穂洲の指導を受けながらチーム力を上げ、1921年に東京六大学野球連盟の前身である四大学野球連盟（当時）に加入した。五大学時代から通して優勝できずにいたが1931年秋季、菊谷正一・辻猛（のち4連覇時の監督）の両投手の活躍により悲願の初優勝を遂げる。年間1シーズン制だった1933年には菊谷の好投に加えルーキー景浦將の猛打が加わり2度目の優勝を果たす。この2回の優勝は監督を置かず部員たちによる自主運営で勝ち取った栄冠であり、こうした例は（六大学では）その後1例しかないことからも特筆される。1940年春季には慶應・明治と3校同勝率で並んだもののプレーオフは行われず優勝預かりとなったため、戦前の優勝はこの2回のみだった。1942年を最後にリーグ戦が中止となるとユニフォームのロゴをローマ字から漢字に変え、同好会として明治や早稲田と練習試合を行うなど活動は続けていたが1944年をもって一時休部となった。

戦後、好選手は集まるものの早慶の壁は厚く、1951年春季に早慶と3校でプレーオフに臨んだものの2敗に終わり優勝できなかった。その前年に監督に就任した砂押邦信が飛田ばりの猛練習で選手を鍛え上げ、エース小島訓一ら好選手が揃った1953年春季、待望の天皇杯を手にし全日本大学野球選手権大会も制した。このとき砂押が発案した縦縞のユニフォームが、現在まで使用されている。ところが砂押は1955年春季リーグ戦後、選手からの排斥運動により退陣する（後任が辻）。砂押が鍛え上げた逸材長嶋茂雄がこのころ台頭、杉浦忠・本屋敷錦吾らと「立教三羽烏」と呼ばれチームの主軸を担う。1957年、チーム初の春秋連覇を達成。春には大学日本一となった。長嶋は当時リーグ新となる通算8号ホームランを最終戦となった秋季慶應2回戦で放ち、この試合でチームは連覇を決めた。長嶋らの卒業で苦戦が予想された1958年もエース五代友和や片岡宏雄、高林恒夫らの野手陣がまとまり、春季は10戦全勝、秋季も制して1938年の明治以来となる史上2校目の4連覇を達成した。1959年秋季にも早稲田とのプレーオフに勝って優勝、この頃をもって立教の最強時代と評する人は多い。

1966年春季、三冠王槌田誠の猛打で久しぶりの優勝を果たしたがそこから長い低迷に入ってしまう。優勝できなかった空白の時期は六大学最長の23年46シーズンと気の遠くなるような時間が流れていった。チームの柱となる選手は現れても、チームの総力としては他校に及ばないことが多く、東大に苦杯を嘗め最下位の屈辱を味わうことも多かった。
またスポーツ推薦制度の大幅な縮小により有力選手の獲得が困難になる等の 学内事情も低迷の大きな要因になっていた。 1980年代も後半に入り、長嶋一茂・矢作公一らの人気スラッガーに、立教高校（現・立教新座高）を1985年に夏の甲子園出場に導いた黒須陽一郎・高林孝行・山口高誉らの俊英が入学してリーグ随一の長打力を誇る強力打線が完成、長嶋・矢作らが学園を出た1989年秋季、平田国久・高橋一太郎らの投手陣が打線とかみ合い、悲願の優勝を遂げた。1試合毎に観客の数が増え続け、優勝を決めた東大1回戦は立教の試合としては久しぶりに2万人の大台を超えた。翌1990年秋季も混戦のなか法政とのプレーオフに勝って秋のシーズン2連覇を果たした。

その後は再び最下位に転落するなど成績は落ち込んだが、1999年秋季、エース上野裕平に多田野数人・上重聡の両1年生投手が活躍、9年ぶりのリーグ優勝で復活を果たした。この優勝以来、最下位に落ちることはないものの2016年まで17年間優勝もなく、再び低迷期に入っていたが、これまでの歴史を見ても立教が凱歌を挙げる時は各校の実力が拮抗しリーグ戦も白熱した試合の連続となることが多かった。そして2017年春季、35シーズンぶりに優勝を果たした。