硬式野球部は1956年（昭和31年）創部。6年目の1962年、甲子園初出場を果たす。
1970年代後半からは甲子園の大阪府代表の常連校7校（私学7強）のうちの1校となり、1977年（昭和52年）の3年生から2001年（平成13年）の3年生までは25学年連続でプロ選手を輩出し1985年（昭和60年）の夏の大会では全国大会で現在唯一の毎回得点を達成している。また、1978年の全国高等学校野球選手権大会では、準決勝の中京戦、および決勝の高知商戦において、土壇場の9回裏から大逆転劇を見せ、「9回裏の奇跡」「逆転のPL」の異名をとることとなった。
「神に依る野球」「世界平和のための野球」を標語（公式HPより）に、甲子園全国大会では人文字での応援（カラーカード<色画用紙>やメガホン・ポンポン等を使用）が有名である。
かつての野球部は完全外部スカウト制でリトルシニアやボーイズリーグで優秀な成績を修め、学校のスカウトマンにスカウトされた者だけが入部することが許された部活で、在校生からの一般入部は一切受け付けていなかった。このスカウト制度は野球部専用寮と共に廃止され、以降は部員募集停止までの間、逆に入学後に在校生が入部する一般的な部活になっていた。
後継監督候補には複数のOBが浮上しているが、学校・教団側の要望に該当する野球部OBがいないことから、2013年秋大会から常勤の監督が不在という状況が長期化していた。練習ではOBのコーチがいるものの、OBのコーチの指導はノッカーとしてのみ認められていた。このため公式戦では野球未経験の正井一真校長が登録上の監督に就任し、ユニフォームを着てベンチ入りしているが、試合の中で決断を下せる大人が不在となっており、作戦や選手交代を選手同士で決めていた。2014年10月には監督不在により十分な指導ができないことを理由に、入学を希望する中学3年生の新入部員の受け入れ停止を決定した。
2015年3月16日、同年4月1日付の人事異動で正井校長が校長職から校外の教団施設への転任が決定し、同時に野球部の監督を退任することが発表された。新たな校長には元野球部長で河野有道前監督と共に甲子園出場経験のある草野裕樹が就任し、野球部の監督も兼任することとなった。2015年春及び2016年春は新入部員を募集しない方針をとり、2016年2月の時点で2年生部員12人のみが所属していた。
2016年2月、野球部長を兼任する草野校長が同年春に定年退職となるため、同校事務職員の川上祐一が野球部長に就任した。野球部員の募集再開時期は未定となっており、2016年夏の全国高等学校野球選手権大会での現役部員の引退をもってひとまず休部することが決定。
2016年7月15日、第98回全国高校野球選手権大阪大会でPL学園は3年生部員のみの12人（記録員を含む）で臨み東大阪大学柏原高等学校に6対7で敗れ、この試合をもって野球部はいったん休部となった。
2016年休部時点での最後の甲子園出場は2009年の夏であり、創部からの通算成績は、春のセンバツには20回出場して優勝3回（81年、82年、87年）、夏の選手権大会には17回出場して優勝4回（78年、83年、85年、87年）、春夏通算96勝となっている。1982年には史上2校目の春連覇、1987年には史上4校目の春夏連覇を達成した。
2017年3月29日、PL学園側から大阪府高等学校野球連盟に対して脱退届が提出され、大阪府連盟は同日これを受理した。PL学園側では今回の脱退について「平成29年度より本校の部員募集再開が決定するまでの間、大阪府高等学校野球連盟に非加盟とする形である」と説明している。
※選手名の後ろの◎は名球会入りした選手。★はタイトルを獲得､または(MVP等の)表彰を受けた選手。☆は現役選手。
| 設立年月日 | 1956年 月 | ||
|---|---|---|---|
住田俊介
18 前田 健太
野口善男
清水哲
67 中川圭太
9 福留 孝介
野田 征稔
鈴木大賀
中井 将人
門馬銀司郎
阿部力也
山崎 和人
石田 到
前田 一樹
中川貴裕
中井 都雄
藤本 吉紀
勧野 甲輝
吉川 大幾
井上大樹
6 村田 穏行
中西良平
丸山創
冨田 康祐
岡崎啓介
藤井 主文
81 鈴木 雄太
山田 祐輝
藤井 裕希
筒井 広大
98 今江 敏晃
桜井 広大
小田憲太郎
上田 勝
石田 拓郎
前田 竜馬
中村猛安
上重 聡
前田 新悟
出井 良和
前田 忠節
井川 修二
佐藤健司
山田善信
藤原 弘介
清原昌和
佐藤篤史
小川 幸一郎
西村信久
清原幸治
野々垣 武志
伊藤 康人
佐藤章夫
毛利 康成
小野 雅也
松田訓
長岡徹也
伊藤敬司
橋本 清
桑田泉
73 立浪 和義
藤本 耕
伊達将雄
岩田 智信
岩田徹
鈴木英之
73 桑田 真澄
清原和博
酒井 徹
西川佳明
伊藤 幸治
岩井忠彦
87 吉村禎章
小早川 毅彦
小野 忠史
竹中 暢啓
中西 康智
渡辺 勝男
林 昌希
村田 武
後藤 泰夫
75 山中 潔
山崎 剛
金石 昭人
西田 真二
木戸 克彦
藤本 政男
大島 守
前田 弘美
谷口善章
西川英喜
井上隆平
福嶋 久晃
西村司郎
大和田 正海
川口 孝秀
中村順司
長井 繁夫
得津 高宏
山田日出夫
今井 重信
愛甲 徹
戸田 善紀
中塚 政幸
奥野 泰成
岸田 祥平
菅元 隆斗
西垣 陽平
藤原 弘介
中村順司
