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1979年創部。

1980年より高嶋仁が監督に就任し、全国大会では春夏合わせて3回優勝しているが2002年の夏の大会の3回戦において、兄弟校である智辯学園と対戦をした。

このときは7-3で智辯和歌山が勝利している。

2018年第90回記念選抜大会では18年ぶりの決勝進出を果たしたが、大阪桐蔭高校に2-5で敗れ準優勝となった。

この年の夏の甲子園をもって高嶋監督は勇退し、同校並びに智辯学園の野球部名誉監督に就任した。

2019年からは阪神タイガース等でプレーしたOBの中谷仁が監督を務めている。

• 選抜高等学校野球大会（春季）- 出場12回、優勝1回（1994年）、準優勝3回（1996年、2000年、2018年）
• 全国高等学校野球選手権大会（夏季）- 出場22回、優勝2回（1997年、2000年）、準優勝1回（2002年）
• 国民体育大会 – 優勝1回（1999年）