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1984年（昭和59年）創部。

1985年（昭和60年）近畿学生野球連盟に加盟。Ⅲ部リーグに所属。

1985年（昭和60年）春季Ⅲ部リーグで優勝、入替戦に勝利しⅡ部リーグに昇格。

1986年（昭和61年）春季Ⅱ部リーグで優勝、入替戦に勝利しⅠ部リーグに昇格。

1986年（昭和61年）秋季Ⅰ部リーグで初優勝。

1987年（昭和62年）全日本大学野球選手権大会（第36回大会）に初出場。

1990年（平成2年）のドラフト会議で、湯舟敏郎（卒業後、本田技研鈴鹿に所属）が阪神タイガースから1巡目で指名され入団。奈良産業大学野球部出身者初のプロ野球選手となった。

2007年（平成19年）のドラフト会議で、桑原謙太朗が横浜ベイスターズから大学生・社会人ドラフト3巡目で指名され入団。奈良産業大学野球部から直接入団した初のプロ野球選手となった。

2014年（平成26年）大学名変更に併せて、奈良学園大学硬式野球部に変更。